Mit der Verlegung seiner Residenz von Marksuhl nach Eisenach 1596 beanspruchte der Herzog Johann Ernst das bisherige Rathaus für sich, um seine Kanzlei darin unterzubringen. Dieses Kanzleigebäude wurde 1741 bis 1743 abgebrochen
Nach 1596 verließ der städtische Rat also sein bisheriges Domizil, das alte Rathaus, und verlegte seine Amtshandlungen in den bisherigen städtischen Weinkeller, der so das neue Rathaus wurde.

Die Entstehung dieses Renaissancebaus ist nicht genau datiert.

Der Turm kam wahrscheinlich erst bei einem Um- bzw. Neubau 1564 hinzu.

Die Reliefarbeiten stammen vom bekannten Eisenacher Steinmetz und Stadtbaumeister Hans Leonhard.

1636 wurde das neue Rathaus durch einen Stadtbrand erheblich zerstört, bis 1641 erfolgte der Wiederaufbau
1812 wurde die nebenan liegende Ratswaage baulich mit dem Rathaus verbunden

Vor, aber auch nach 1945 gab es immer wieder Pläne zur Neugestaltung des Ratshauskomplexes zwischen der Karlstraße im Norden und der Goldschmiedenstraße im Süden

Bis 1949 bauten einheimische Firmen das Rathaus wieder auf.

Vor dem Jubiläum "900 Jahre Wartburg" 1967 wurde der Fassadenputz erneuert.

Bereits 1978/79 gab es wieder Sanierungsarbeiten am Rathaus.

Nach der Wiedervereinigung wurde festgestellt, dass Teile des Rathauses einsturzgefährdet waren. 1993 begann deshalb die Komplettsanierung.

1994 wurde der Rathausturm abgenommen und restauriert.

Das alte Renaissanc-Rathaus wurde Bestandteil eines Rathaus-Sparkassen-Baukomplexes zwischen Karl- und Goldschmiedenstraße, der im Juni 1996 bezugsfertig war. Er wird von der Wartburg-Sparkasse und der Stadtverwaltung Eisenach genutzt.