Die Nicolaikirche wurde um 1180 errichtet, sie gilt sie als eines der zuletzt entstandenen romanischen Bauwerke Thüringens. Ihre Turmhöhe beträgt 36 Meter. Die Säulenkapitelle zeigen große Ähnlichkeiten mit den Motiven des Palas der Wartburg.

Die dreischiffige Basilika war bis 1525 Pfarrkirche und Gotteshaus für das ehemalige Benediktinerinnenkloster.

Im Bauernkrieg wurde auch die Nikolaikirche stark in Mitleidenschaft gezogen. Bereits 1555 konnte abwer in ihr wieder evangelischer Gottesdienst gehalten werden.
Ihre heutige Gestalt erhielt die Kirche durch die umfassenden Restaurierungsarbeiten in den Jahren 1886/87. Zwischen Kirchturm und Stadttor befand sich seit 1617 die alte Probstei des Klosters, die "Deutsche Schule". Sie wurde bei diesem Umbau abgerissen und durch einen Torbogen ersetzt. 1898 baute man die Orgelempore ein.

Der gotische Schnitzaltar, der die Grablegung Christi zeigt, stammt aus der Saalfelder Schule um 1520. Auf diesem sind der Namenspatron der Kirche, Bischof Nikolaus, und der Apostel Jakobus dargestellt.

In der Nikolaikirche finden regelmäßig Sonntagsgottesdienste satt, sowie die Fest-gottesdienste der Ordensschwestern des angrenzenden  Diakonissen - Mutterhauses.

Direkt neben der Kirche gelegen ist das einzige der ehemals fünf Stadttore erhalten geblieben, das Nikolaitor.

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