In der Predigerkirche des Thüringer Museums Eisenach ist jetzt eines der Prunkstücke der "Sammlung mittelalterlicher Kunst in Thüringen" nach jahrelanger Restaurierung wieder zu sehen: der Flügelaltar aus Ballstädt bei Gotha.
Die Sammlung mittelalterlicher Kunst in Thüringen mit ihrem Schwerpunkt sakrale Schnitzplastik zählt zu den kostbarsten, bedeutendsten und pflegebedürftigsten Kollektionen des Landes.
Die Wiederherstellung des um 1490 in Thüringen entstandenen umfangreichen Flügelaltars aus Ballstädt bei Gotha erforderte einen erheblichen Aufwand und kostete insgesamt rund 75.000 Euro. Die Restaurierung erfolgte deshalb in mehreren Etappen von 2003 bis 2009. Diese umfangreichen und aufwändigen Arbeiten konnten nur dank großzügiger Spenden und der Förderung des Kultusministeriums des Landes Thüringen bewältigt werden. Zu den Sponsoren gehören: der Förderverein Freunde des Thüringer Museums, die Sparkassen-Kulturstiftung Hessen-Thüringen, der Freundeskreis Kulturstiftung der Länder, die Kulturstiftung der Länder selbst, der Gewerbeverein Eisenach 1991, der Verkehrsverein Eisenach und viele private Spender.
Der Flügelaltar besteht aus einem Schrein, in dessen Zentrum das Herzstück - eine Marienkrönung aus vollplastischen Figuren - steht. Die Figurengruppe wird gebildet von Gottvater, Maria und Christus. Rechts und links der Marienkrönung stehen sechs vollplastisch gearbeitete Heiligenfiguren, Katharina, Jakobus, Bartholmäus, Petrus, Matthias, Thomas. Der Schrein wird auf den Seiten von den beiden bemalten Altarflügeln eingerahmt.
2007, im Jubliläumsjahr der Heiligen Elisabeth, konnten die reich bemalten Altarflügel des Ballstädter Altars restauriert werden. Bereits 2003 war mit den ersten drei Figuren begonnen worden. 2008 folgte dann die Wiederherstellung der Marienkrönung, 2009 schließlich konnten die letzten Figuren und der Schrein wieder instand gesetzt werden.
Nun steht der Ballstädter Altar in einem der neuen Ausstellungsräume in der Predigerkirche und stellt damit das Hauptausstellungsstück der erweiterten Dauerausstellung dar. Der Schrein, geschaffen um 1490, verweist thematisch und handwerklich auf die Zeit der ausklingenden Spätgotik in Mitteldeutschland und repräsentiert die Vorreformationszeit. Künstlerisch und geschichtlich stellt er für die Epochenwende um 1500 ein ausdrucksstarkes Exponat dar. Der Altar bezeugt eine damals untergehende Welt, denn die Marienverehrung wurde von den Protestanten abgelehnt. Er gehört zu den wertvollsten Stücken der Sammlung mittelalterlicher Holzplastik des Thüringer Museums Eisenach.
Die Predigerkirche ist zudem der Ort, an dem in der Lutherdekade (bis 2017) Sonderausstellungen des Thüringer Museums gezeigt werden, die den Ablauf der Reformation thematisieren. Die Predigerkirche selbst gilt als authentischer Reformationsort - die Dominikaner wurden in dieser Zeit aus ihrem Kloster verjagt. Nach der Reformation wurde die Predigerkirche als Lagerraum genutzt.
Das im Jahr 1899 gegründete Thüringer Museum baute die ehemalige Predigerkirche als Ausstellungsraum für seine Sammlung sakraler Schnitzplastiken aus Thüringen um. Seit 1994 wurde sie bis 2006 in Abschnitten saniert und ausgebaut.